Arduino Mega является базовым контроллером системы Arduino Mega Server. Для этого контроллера наиболее отработан код и для него наиболее легко найти и подключить различную периферию. С другой стороны, он «медленный» и 8-битный и у него очень мало оперативной памяти (8 КБ).

Arduino Due это гораздо более продвинутый вариант с мощным 32-битным процессором и большим объёмом оперативной памяти. Но у Due 3.3-вольтовое питание и более сложное подключение периферийных устройств и некоторые другие проблемы.

Так что же выбрать? Для реального проекта лучше взять Arduino Mega, а для экспериментов и на перспективу — Arduino Due.

Если у вас уже куплена сетевая плата Ethernet Shield или крайне ограничен бюджет, то ваш выбор — Ethernet Shield. Во всех остальных случаях Ethernet Shield 2 это гораздо более предпочтительный вариант потому, что работает эта плата гораздо быстрее. С ней есть некоторые незначительные проблемы, которые в ближайшее время должны решиться.

Оригинальные платы Arduino конечно лучше, но аналоги в большинстве случаев работают без каких-либо проблем. А если учесть разницу в цене, то выбор очевиден. Покупать в России или в зарубежных Интернет-магазинах это вопрос удобства и ваших предпочтений.

По большому счёту, это разные системы с разным спектром применения. Raspberry Pi это «взрослая» система с Linux на борту и соответствующими возможностями, но с «рахитичными» 20-ю цифровыми пинами, к которым даже Power Monitor не подключишь, не говоря уже о прочем оборудовании.

Arduino Mega Server имеет гораздо более скромные сетевые возможности, но зато работает даже на 8-битных контроллерах и имеет целых 54 цифровых и 16 аналоговых пинов (на Mega), не считая прочих интерфейсов.

Так что выбор устройства определяют ваши потребности и возможности конкретной платформы.

Обычно наилучшим выбором является последняя версия системы. Все остальные представляют интерес только для разработчиков.